Настройки не стираются. Скорее всего у вас неправильно написано приложение, которое самое стирает данные.

На что тогда следует обратить внимание в программе? Что может быть написано или настроено не так?

Т.е. поясню: Человек устанавливает моё приложение и настраивает как ему необходимо, затем я делаю новую версию и выкладываю в play market и когда он обновляет приложение ему приходится настраивать всё заново.

в общем вопрос — а есть ли возможность определить принципиальное наличие файла настроек?
как я понял команда

 mSettings = getSharedPreferences(APP_PREFERENCES, Context.MODE_PRIVATE);

при отсутствии файла сразу его создаёт? а если мне нужно только узнать есть этот файл или нет? то как?

ну и за компанию — а удалить файл настроек можно?

В public class Setting extends AppCompatActivity у меня есть процедура

public void readSetting() {

        mSettings = getSharedPreferences(APP_PREFERENCES, Context.MODE_PRIVATE);
        Switch vibra_switch = (Switch) findViewById(R.id.vibra_switch);
        Switch sound_switch = (Switch) findViewById(R.id.sound_switch);
        Switch toast_switch = (Switch) findViewById(R.id.toast_switch);

        vibra_switch.setChecked(mSettings.getBoolean(APP_PREFERENCES_Vibra, true));
        sound_switch.setChecked(mSettings.getBoolean(APP_PREFERENCES_Sound, true));
        toast_switch.setChecked(mSettings.getBoolean(APP_PREFERENCES_Toast, true));

    }